El nombre del barrio se debe a los rematadores de esos terrenos, los que en honor al Intendente Crespo y alentados por la familia Lebrero, propietaria de los mismos, comenzaron a denominar el lugar como la Villa de Crespo, porque la subasta tenía demarcada la ubicación de la futura plaza, la estación, la seccional policial, la escuela y demás edificios que componen una villa o pueblo en formación.

De hecho esos terrenos se convirtieron en la primera villa de la ciudad de Buenos Aires. Puede decirse que tomó unos años considerar a "Villa Crespo" como el nombre único y definitivo del barrio. Durante un período se siguió usando también el de "San Bernardo". El origen de esta duplicidad de denominación es sencillo. Mucho antes de la "Ley Sáenz Peña" y de la confección de padrones electorales como los conocemos desde entonces, las parroquias eclesiásticas cumplían las funciones del Registro Civil aún no creado.

Es decir, eran depositarias del único registro existente de votantes. Por eso, las principales parroquias eclesiásticas de la ciudad se convirtieron en cabeza de parroquias electorales. Así, aunque la iglesia de San Bernardo fue inaugurada en agosto de 1896, el Poder Ejecutivo Nacional creó, por decreto del 11 de abril de 1894, la "Parroquia (electoral) de San Bernardo", ya que la construcción de la iglesia había comenzado un año atrás.

La Parroquia de San Bernardo comprendía, además de Villa Crespo -sede de la iglesia homónima y entonces una especie de "cabecera"- los actuales barrios oficiales de Palermo, Chacarita, Colegiales, Almagro, Caballito, Villa General Mitre, Villa Santa Rita, Villa Devoto, Villa del Parque, Agronomía, Parque Chas, Villa Ortúzar y parte de Flores, además de Villa Talar, hoy barrio no oficial de la ciudad.

Este modo de llamar a Villa Crespo está evidenciado en el recorte de diario que se muestra. Pero según el Libro "Villa Crespo, Sencilla Historia" del Prof Del Pino, ya en 1889, más precisamenente el 13 de octubre de ese año, aparecen afiches de anuncios de loteos, publicados por un tal H. Baizan, que era rematador, en los cuales se denomina al lugar como Villa Crespo.